麻酔科は手術麻酔を中心に業務を行っています。現在、麻酔科専門医1名、麻酔標榜医1名の常勤で、大分大学麻酔科の協力のもと週2～3名の麻酔科医を派遣してもらっています。手術室は３室あり消化器外科・心臓血管外科・整形外科・形成外科・歯科口腔外科・循環器内科の手術が行われています。安全確実な麻酔を常に心がけており、超音波ガイドによる末梢神経ブロックや気道確保困難症例に対するエアウエイスコープ使用など近年普及しつつある手技を積極的に取り入れて技術向上に努めています。